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Recentemente quem atualizou suas distribuições Linux (Redhat Fedora 12 ou Ubuntu 9.10 - para citar alguns) perceberam um problema, digamos, um tanto incomodo: Alguns botões do Eclipse que aparecem em "dialogs" ou outros lugares simplesmente não funcionam.

Isto aconteceu por causa da atualização do GTK+ (versões 2.17.x/2.18.x). As últimas versões do GTK+ alteraram a forma como as janelas são criadas e gerenciadas no X Window. Isto acarretou alguns problemas na forma do SWT gerencia a "Z order" das janelas.

As novas versões do Eclipse (3.6 e builds posteriores ao I20091201-2000 devem ter estes problemas corrigidos. Enquanto isto a recomendação é setar a variável GDK_NATIVE_WINDOWS antes de executar o Eclipse, ou então criar um script de inicialização do Eclipse. Exemplo:

 #!/bin/shexport GDK_NATIVE_WINDOWS=1/java/eclipse/eclipse

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